En vivo, la matriz cartilaginosa, se presenta de aspecto azul vidrioso. Tal matriz está compuesta de "fibras" y sustancia fundamental, la razón de las comillas en las fibras, se debe a que éstas en realidad se acomodan en forma de fibrillas solamente. Al microscopio óptico estas fibrillas no pueden distinguirse de la sustancia fundamental, gracias a tener el mismo indice de refracción, por lo que la matriz se ve de forma homogénea.
La matriz es basófila, tiñéndose de azul con H y E, a excepción de la región cercana al pericondrio, donde el citoplasma es acidófilo, debido a una baja concentración de proteoglucanos. Existe una basofilia muy marcada alrededor de las lagunas, la cual es conocida como matriz territorial o cápsula. La cápsula se debe a la presencia de proteoglucanos en la sustancia fundamental, específicamente a los GAG siguientes, condroitín 4 sulfato, condroitín 6 sulfatos, queratán sulfatos, que juntos son reconocidos como agrecanos; más en una cantidad muy baja el hialuronano.
La sustancia fundamental de la matriz cartilaginosa es metacromásica con el azul de toluidina y el azul de metileno.
En los organismos vivos la matriz está compuesta por un 75% de agua en forma de un gel coloidal, si este gel se seca, entonces se puede observar que el 40% de su peso en seco se debe a colágeno de diferentes tipos, donde el más abundante es de tipo II, y en menores proporciones los colágenos, IX, X y XI.
Las células encargadas de producir a las fibrillas colágenas y la sustancia fundamental en la matriz cartilaginosa, son los condroblastos.
Ademas las células cartilaginosas producen glucoproteínas multiadhesivas de tipo transmembrana, con la función de anclar a las membranas de condrocitos y condroblastos con las fibrillas colágenas. Las proteínas transmembrana más abundantes son las ancorinas.
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